黨政辦公室、機關黨委（合署辦公）
501
高新園區建設與管理委員會辦公室
510
機關綜合服務中心
822
網絡安全和信息化辦公室
525
黨委組織部（黨校）、黨委統戰部（合署辦公）
403
黨委宣傳部、新聞中心（合署辦公）
404
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311
黨委教師工作部、人力資源部（合署辦公）
502
黨委學生工作部、學生工作處、黨委人民武裝部（合署辦公）
406
心理教育中心
612
學生咨詢服務中心
823
黨委巡視工作辦公室
526
紀委、監察專員辦
401
研究生院（校學位委員會辦公室）
201
本科生院
200
本科生書院
101
通識教育中心
102
體育教學中心
103
藝術教學中心
109
現代藝術中心
111
陶瓷藝術中心
112
外語教學中心
108
招生就業處
519
教務處
601
高等教育研究所
606
教育與現代化編輯部
314
現代教育技術中心
611
科研部
603
學報編輯部
312
科技成果轉移轉化辦公室
313
發展和改革辦公室、發展與規劃處（合署辦公）
516
生命科學與醫學建設辦公室
520
文科建設辦公室
522
國際合作與交流部（含港澳臺辦公室）、國際學院（合署辦公）
504
外事服務中心
824
國際合作交流推進委員會
521
對外聯絡與基金事務處
506
離退休干部工作處
511
財務處
505
審計處
527
資產與后勤保障處
508
基本建設處
517
保衛與校園管理處、實驗室安全辦公室（合署辦公）
503
居民委員會
806
團委
409
工會
408
保密辦公室
528
少年班學院（少年班、教改試點班）
000
數學科學學院
001
數學系
045
計算機與應用數學系
046
概率統計系
047
物理學院
203
物理系
002
近代物理系
004
光學與光學工程系
038
天文學系
022
工程與應用物理系
048
物理實驗教學中心
042
化學與材料科學學院
206
化學物理系
003
材料科學與工程系
014
化學實驗教學中心
037
化學系
019
應用化學系
012
高分子科學與工程系
020
工程科學學院
209
近代力學系
005
精密機械與精密儀器系
009
熱科學和能源工程系
013
安全科學與工程系
030
信息與智能學部
920
信息科學技術學院
210
電子工程與信息科學系
006
自動化系
010
電子科學與技術系
023
信息安全專業
033
信息與計算機實驗教學中心
049
計算機科學與技術學院
215
計算機科學與技術系
011
大數據學院
229
網絡空間安全學院
221
微電子學院
219
軟件學院
225
地球和空間科學學院
208
地球物理與行星科學技術系
071
地球化學與環境科學系
072
地球和空間科學探測實驗教學中心
070
生命科學與醫學部
910
生命科學學院
207
分子生物學與細胞生物學系
008
神經生物學與生物物理學系
021
系統生物系
031
醫藥生物技術系
032
基礎醫學院
912
臨床醫學院
913
附屬第一醫院
911
生物醫學工程學院（籌）
916
管理學院
204
工商管理系
015
管理科學系
016
統計與金融系
017
EMBA中心
039
MBA中心
034
MPA中心
035
MF中心（金融專碩）
050
項目管理教育中心
040
公共事務學院
216
法律碩士教育中心
043
物流工程碩士中心
044
041
人文與社會科學學院
211
科技史與科技考古系
024
科技傳播系
025
科技哲學系
055
心理學系(籌)
056
語言科學交叉研究中心
057
藝術與科學研究中心
058
環境科學與光電技術學院
217
馬克思主義學院
220
環境科學與工程系
240
核科學技術學院
214
加速器科學與工程物理系
051
等離子體物理與聚變工程系
052
核科學與工程系
053
未來技術學院
999
碳中和研究院
998
科技商學院
997
蘇州高等研究院
226
上海研究院
228
北京研究院
230
北京教學與管理部
227
先進技術研究院
218
創新創業學院
529
國際金融研究院
205
國家同步輻射實驗室
231
合肥微尺度物質科學國家研究中心
234
火災科學國家重點實驗室
232
量子信息與量子科技創新研究院
291
核探測與核電子學國家重點實驗室
236
語音及語言信息處理國家工程實驗室
235
類腦智能技術及應用國家工程實驗
238
國家高性能計算中心（合肥）
233
大尺度火災國際聯合研究中心
237
中國科學院合肥大科學中心
340
中國科學院比較行星學卓越創新中心
289
合肥物質科學技術中心
294
中國科學院材料力學行為和設計重點實驗室
248
中國科學院量子信息重點實驗室
247
中國科學院殼幔物質與環境重點實驗室
341
中國科學院近地空間環境重點實驗室
342
中國科學院能量轉換材料重點實驗室
343
中國科學院星系宇宙學重點實驗室
344
中國科學院軟物質化學重點實驗室
345
中國科學院腦功能與腦疾病重點實驗室
346
中國科學院吳文俊數學重點實驗室
347
中國科學院電磁空間信息重點實驗室
348
中國科學院空間信息處理與應用系統技術重點實驗室
349
中國科學院無線光電通信重點實驗室
350
中國科學院強耦合量子材料物理重點實驗室
351
中國科學院城市污染物轉化重點實驗室
353
中國科學院天然免疫與慢性疾病重點實驗室
352
中國科學院微觀磁共振重點實驗室
354
公共實驗中心
理化科學實驗中心
321
生命科學實驗中心
324
工程與材料科學實驗中心
322
信息科學實驗中心
323
超級計算中心
325
圖書館
302
網絡信息中心
304
信息管理辦公室
518
檔案文博院
301
檔案館
博物館
306
出版社
303
醫院
803
資產經營有限責任公司
901
附屬中學
804
飲食服務集團、后勤黨總支
701
接待中心
821
公務交通管理服務中心
807
幼兒園
808
合肥智能機械研究所
157
合肥物質研究院
168
中國科學院金屬研究所
169
長春應用化學研究所
175
南京分院
176
紫金山天文臺
170
南京地質古生物研究所
171
南京天文儀器研制中心
172
蘇州納米技術與納米生物仿生研究所
173
蘇州生物醫學工程技術研究所
174
中國工程物理研究院
177
廣州能源研究所
178
贛江創新研究院
179
管理學院（北京）
222
高等研究院
223
聯想計算機學院
224
中國科學院結構分析重點實驗室
241
中科院認知科學重點實驗室（北京）
243
中國科學院結構生物學重點實驗室
244
中國科學院選鍵化學重點實驗室
245
中國科學院熱安全工程技術研究中心
246
中國科學院核能安全技術研究所
242
理化科學中心
250
天體物理中心
254
非線性中心
261
煙草與健康研究中心
262
華為信息技術研究所
271
安徽省高性能計算與應用重點實驗室
281
安徽省分子醫學重點實驗室
282
安徽省光電子科學與技術重點實驗室
283
安徽大數據應用協同創新中心
290
先進核聚變能和等離子體科學協同創新中心
292
能源材料化學協同創新中心
293
宇航科學與技術協同創新中心
295
基本粒子和相互作用協同創新中心
296
城市公共安全協同創新中心
297
先進技術與產業協同創新中心
298
蘇州納米科技協同創新中心
299
物資供應中心
507
